La reconstruida vivienda hoy es un museo paleontológico, para lo cual atravesó varias instancias hasta la actualidad.
Florentino Ameghino fue un científico nacido en Luján en 1854. Su casa, ubicada en la calle Las Heras, era de típica construcción de mediados del siglo XIX, con una fachada de ladrillos asentados en barro.
Cuando la familia Ameghino partió a Buenos Aires, la casa permaneció habitada por caseros. Sin embargo al no dejar descendencia ninguno de los tres hermanos Ameghino, la casa quedó en manos de herederos y siguió siendo residida por cuidadores. Posteriormente la casa fue ocupada. Hasta que fue entregada a Juan Antonio Mignone quien conformaba la Comisión organizadora y directiva de la “Sociedad amigos de la Casa Ameghino” que respaldaban el proyecto de incorporar la propiedad al patrimonio de la ciudad.
En 1974 las autoridades informaron a Mignone que la vivienda se encontraba finalmente vacía. Ese año, el Concejo Deliberante de Luján declaró de utilidad pública y sujeto a expropiación los inmuebles donde vivieron los hermanos Ameghino, destinados a la creación de un museo municipal.
Los sucesivos intentos de conformar esta casa en un museo, se vieron truncados por las condiciones edilicias deplorables en las que se encontraba la casa, en ruinas y a punto de derrumbe.
A mediados de 1997, el edificio fue reabierto luego de varios años aunque la vivienda no estaba terminada. Finalmente en 1999 se completaron los trabajos para la inauguración.
El 15 de mayo de 2007, la Casa de los Ameghino fue declarada Monumento Histórico Nacional.